Dasar pemikiran berdirinya gereja Pepanthan Kingkang diawali pada akhir tahun 1969 dalam perayaan Natal, pada waktu itu ada kerinduan beberapa warga masyarakat kristen GKJ Baki yang berdomisili di Desa Kingkang, Kecamatan Wonosari, Kabupaten Klaten bisa beribadah di wilayah Kingkang, sehingga tidak perlu jauh-jauh pergi ke Baki. Perwakilan beberapa orang warga tersebut kemudian mengajukan permohonan kepada pemerintah Desa Kingkang melalui Bapak Slamet Wongso Wiyoto pada bulan Januari 1970, adapun permohonannya adalah mengajukan agar tanah kas Desa yang terletak di Dukuh Kingkang (sebelah utara), diperbolehkan untuk digunakan sebagai gereja.

Permohonan warga tersebut ditanggapi dengan baik oleh Kepala Desa Kingkang, dan ditindaklanjuti melalui Rembug Desa/Rapat Desa yang dihadiri oleh beberapa tokoh Desa Kingkang, perwakilan Dukuh dan beberapa pejabat terkait. Hasil rekomendasi rapat desa tersebut memutuskan bahwa Pemerintah Desa Kingkang pada tanggal 6 Juni 1970 mengabulkan Permohonan Warga Kriten Kingkang tersebut, Pemerintah Desa Kingkang memberikan Tanah Kas Desa Kingkang dengan Luas 500M Persil 4 klas 1 yang terletak di utara Dukuh Kingkang untuk bisa digunakan / dibangun Gereja untuk tempat ibadah Warga Kristen di Kingkang. Keputusan tersebut kemudian dikuatkan dengan Persetujuan Camat Wonosari pada tanggal 11 Agustus 1972 yang kemudian disetujui Wedono (Pembantu Bupati) Wilayah Delanggu pada tanggal 28 September 1972.

Setelah mendapatkan ijin mendirikan Gedung Gereja di Tanah Kas tersebut, Bapak Slamet Wongso Wiyoto menyampaikan ke Sidang Majelis untuk menindaklanjuti, namun dikarenakan ada kendala dalam hal pembiayaan, maka dilakukan penggalangan dana melalui beberapa donatur dan melalui berbagai usaha. Setelah 2 tahun kemudian tepatkan tanggal 1 Agustus 1974 melalui Sidang Majelis dibentuklah Kepanitiaan Pembangunan Gereja Kingkang, dengan susunan Panitia sebagai berikut:

Ketua I: Bpk. Margono Atmo Harjono
Ketua II: Bpk. Slamet Wongso Wiyoto
Sekretaris I: Bpk. Hatmanta, BA
Sekretaris II: Bpk. Slamet Yatno Diharjo
Bendahara I: Bpk. Sugito Gito Wiryoko, BA
Bendahara II: Bpk. Sudarto BE
Sie Usaha Dana: Bpk. Yusin dan Bpk. Suparjo Trisno
Penasehat: Bpk. Suharso Cokro Wiryono
Pelindung: Pdt. S. Hadi Pranoto

Setelah 3 tahun sejak diberikan ijin untuk pembangunan gereja, namun belum bisa terealisasi, maka pada tanggal 1 Agustus 1975 Kepala Desa Kingkang melayangkan surat kepada panitia pembangunan gereja kingkang yang isinya adalah mendesak kepada Panitia Pembangunan Gedung Gereja Kingkang untuk segera melaksanakan pembangunan. Berdasarkan surat tersebut maka mau tidak mau pembanguan akhirnya dimulai. Bpk. Slamet Wongso Wiyoto dan Bpk. Hardono memerintahkan Bpk. Hatmanto untuk mengukur tanah Kas tersebut seluas 500M dengan panjang 25M dan lebar 20M dilaksanakan pembangunan bersama warga jemaat Kingkang dengan bergotong royong membuat FONDASI. Meskipun pembangunan berjalan sangat lambat karena masalah biaya, dua tahun kemudian baru selesai pembangunan gedung gereja yaitu pada tahun 1977, tepatnya pada tanggal 10 Maret 1977 untuk pertama kalinya DIPAKAI IBADAH PERDANA, dan pada tanggal tersebut diperingati sebagai Hari Ulang Tahun GKJ Baki Pepanthan Kingkang.