Sebelum tahun 1925 di wilayah kecamatan Baki sudah ada keluarga Kristen Kerasulan kurang lebih 10 KK. Hasil pekabaran Injil Kyai Sadrach Sura Pranata, yang berpusat di Desa Karangjasa, Kutoarjo, Purworejo. Kyai Sadrach menerima baptis kurang lebih tahun 1860. Karena keaktifannya memberitakan Injil, di desanya dibangun sebuah Gereja yang menjadi pusat Gereja kerasulan di wilayah Jawa Tengah pada waktu itu. Selanjutnya Kyai Sadrach mendapat sebutan Rasul. Perkembangan Kristen Kerasulan sampai di wilayah Baki, di Desa Teplok dan Ngluyu daerah Kalurahan Mancasan, Kecamatan Baki, jumlah KK seperti tersebut diatas, dan sudah dapat diadakan kebaktian sendiri bertempat didaerah Teplok, kel. Mancasan, Baki, yang diasuh sebagai sesepuhnya Yotam.

Pada tahun 1925 datanglah seorang guru Sekolah Rakyat Kristen Zending kepindahan dari daerah Karangdowo, Pedan, Klaten yang bernama S. Reksowiyoto, Kepala Standard Kristen Subsidi Kalitengah Karangdowo. Pada tanggal 6 Januari 1925 mulai membuka Sekolah Rakyat Kristen di wilayah Kec. Baki, namun masih banyak kesulitan yang dihadapi. Sulit mencari murid, dan belum memiliki gedung sendiri, masih mondok di rumah perorangan. Pada tahun 1926 ada orang buta yang bernama Wongsotaruno menerima baptis yang berasal dari wilayah Baki. Pada tahun 1927 di wilayah Baki ada Baptisan lagi orang Tiong Hwa yang bernama TAN KIEM SIEN.

Perkembangan Sekolah Kristen di Baki selama 6 tahun mengalami kemajuan yang baik sehingga pada tahun 1931 Yayasan Sekolah Kristen Zending di Sala membangun gedung Sekolah Rakyat Kristen di Baki, di desa Pendekan, Kel. Baki Pandeyan. Dengan adanya Sekolah Kristen, ternyata menjadi sarana Pekabaran Injil. Sampai tahun 1935 di wilayah Kec. Baki sudah ada warga dewasa sebanyak 7 orang, yang diasuh oleh guru Injil dari Sala yaitu: Sudarman Poernohadikawahyo dan Hadihartono.

Pada tahun 1936, sepuluh kepala keluarga Kristen Kerasulan sebagian menggabungkan diri dengan warga Gereja Kristen Jawa, yang induknya di GKJ Joyodiningratan Sala. Karena berkat Tuhan, Injil yang tersebar di wilayah Baki melalui Sekolah Kristen, menumbuhkan kelompok orang-orang Kristen. Tahun 1937 di Baki diadakan ibadah minggu yang bertempat di gedung Sekolah Rakyat Kristen di Baki, namun ketika Perjamuan Kudus masih menjadi satu gereja induk Joyodiningratan, yang pada waktu itu pendetanya Ds. S Dwijowiyono. Tahun 1942 Sekolah Kristen di Baki diasuh 5 orang guru.

Walaupun pada waktu itu Indonesia dibawah pemerintahan penjajah Jepang, namun Sekolah masih dapat berjalan terus. Pada tahun 1945 hingga tahun 1948 Sekolah Kristen Baki menjadi kacau, karena kelas kedua, gedung sekolah dibakar, untuk menghindari jangan sampai ditempati tentara Belanda. Tahun 1949 sekolah terpaksa diserahkan kepada Pemerintah Kasunanan beserta guru-gurunya, karena Yayasan Sekolah Kristen Zending tidak dapat mengurusi. Tempat ibadah minggu sementara bertempat di rumah Sdr. S. Reksowiyoto, selanjutnya pindah lagi ke rumah Sdr. Bayan Kartopawiro di Ngablak Baki.

Tahun 1953 GKJ Joyodiningratan menerima tenaga Guru Injil bernama Supomo Notosoedarmo yang ditempatkan mengasuh pepanthan di Baki, menempati rumah Pak Bayan Kartopawiro di Ngablak, rumah bagian belakang. Adapun di muka (pendapa) untuk ibadah. Karena berkat Tuhan, Pepanthan di Baki dengan usaha dari semua warga, tahun 1957 sudah dapat membangun gedung gereja berukuran lebar 7 meter panjang 14 meter diatas tanah bekas Sekolah Kristen di Baki, desa Pendekan, kelurahan Baki Pandeyan.

Pada tanggal 9 April 1963 Pepanthan Baki di dewasakan oleh Gereja Induk Joyodiningratan menjadi gereja dewasa bernama Gereja Kristen Jawa Baki Sukoharjo. Peresmian pendewasaan sekaligus mentahbiskan anggota majelis yang pertama sebanyak 5 orang. Lima orang majelis tersebut dan guru Injil Bp. Soepomo Notosoedarmo giat melayani jemaat. Namun Bp. Soepomo Notosoedarmo dipanggil menjadi pendeta di GKJ Delanggu. Sebagai gantinya adalah Bp. Herman Setyowardoyo, STh namun hal itu tidak lama karena beliau juga dipanggil sebagai pendeta di GKJ Margoyudan Sala. Karena GKJ Baki belum memiliki pendeta sendiri, tugas-tugas kependetaan GKJ Baki dilayani beberapa Pendeta Konsulen, antara lain : Bp. Pendeta Yokanan Atmorejoko dari GKJ Sukoharjo, Pendeta Edy Trimodoroempoko, STh dari GKJ Margoyudan, dan Pendeta utusan R.M.S Purwowidagdo dari Sala.

Tahun 1968 GKJ Baki mulai mempersiapkan diri untuk melakukan pemanggilan Pendeta. Pada tahun yang sama pula, Guru Injil S. Hadipranata dari GKJ Boyolali dipanggil untuk menjadi calon Pendeta GKJ Baki. Dengan melalui proses aplikasi di Sekolah Theologia Duta Wacana Yogyakarta, dan melalui pembimbingan guna menempuh ujian peremtoair di Sidang Klasis Surakarta Timur, menurut keputusan persidangan Klasis Surakarta Timur, ujian dinyatakan lulus dan layak memangku jabatan Pendeta. Pada tanggal 17 September 1969 Sdr. S. Hadipranata ditahbiskan menjadi Pendeta yang pertama di GKJ Baki, dan menempati pastori yang dibangun tahun 1969.

Sekarang ini GKJ Baki berkembang cukup baik. Hal ini dapat dilihat dari partisipasi aktif jemaat dalam mengikuti kegiatan yang ada di gereja. Penataan terus dilakukan baik dari segi fisik (gedung gereja) dan sumber daya jemaat. Pembangunan fisik dapat dilihat dari pemeliharaan dan pembangunan yang dilaksanakan oleh panitia/tim. Pemeliharaan tersebut dilakukan secara berkala dan berkelanjutan. Dari segi sumber daya jemaat, Majelis jemaat berupaya memelihara iman jemaat dengan melakukan kegiatan rutin seperti ibadah, persekutuan doa, dan pembinaan atau pembekalan sesuai dengan kebutuhan jemaat. Semua bertujuan untuk meningkatkan kecintaan jemaat terhadap gereja sebagai rumah dan keluarga dalam Kristus.